Depois de duas épocas em que foi, para muitos, o melhor jogador do campeonato português, o azar bateu à porta de Jonas, e bem cedo. O 'Pistolas' lesionou-se na Supertaça, frente ao Sporting de Braga, e um longo período de recuperação depois ressurgiu, já na fase final da época, com papel importante nas conquistas da Liga NOS e da Taça de Portugal, mas terminou a época com 'apenas' 28 jogos disputados (18 golos), longe dos números da época anterior (48 partidas), e mesmo da de estreia em Portugal, se considerarmos que não jogou nas competições europeias (somou 35 encontros).
Em conversa com o jornal 'Record', Jonas falou sobre este momento mais delicado na carreira ao serviço do Benfica.
"É complicado porque eu tinha feito dois anos maravilhosos aqui, e depois começo a terceira temporada e começo com uma lesão grave. E depois um problema na cervical. Mas eu tive tranquilidade, tive paciência; trabalhei muito nessa altura e serviu para eu aprender, também. Acho que o mais importante foi que eu voltei. Voltei bem, contribuí de alguma forma, junto com todos, e acho que, depois, terminar vencendo esses títulos que a gente conseguiu, e dando a minha contribuição... Fico muito feliz. Estou agradecido a todos do Benfica e aos meus familiares, porque, apesar de ter passado por esse período difícil, como terminou isso me deixa muito feliz porque acabei superando tudo isso", contou o brasileiro de 33 anos.