Foi sob o comando de Hernán Crespo que Marquinhos fez a sua estreia pelo São Paulo. Os primeiros passos como profissional foram na vitória por 1 a 0 sobre o Bahia, em 10 de julho de 2021. O garoto ficou pouco tempo em campo — 12 minutos ao todo —, mas mostrou que poderia dar uma característica que o time comandado pelo argentino ainda não tinha: velocidade.
Em pouco tempo, deu indícios de que se tornaria titular — a chance veio no quarto jogo como profissional. Na vitória por 3 a 1 sobre o Racing, da Argentina, nas oitavas de final da Libertadores, Marquinhos fez um dos três gols da equipe. Os lances firmaram o atleta definitivamente no time principal.
Marquinhos chegou ao São Paulo aos oito anos de idade. Na base, sempre se destacou, acumulando convocações para a seleção brasileira e conquistando títulos importantes nas categorias inferiores.
Antes da promoção ao elenco profissional, defendeu o time sub-20 sob o comando de Alex, sendo um dos pupilos do ex-jogador do rival Palmeiras. Em três jogos com o treinador, fez dois gols e se responsabilizou por outras duas assistências.
Talentoso, sempre foi titular na base. Os títulos e os gols o transformaram em uma mais uma grande joia de Cotia. Não à toa foi referendado por Alex antes de receber a chance com Crespo no elenco profissional. Em uma conversa entre os treinadores, foi bastante elogiado e apontado como um dos jovens mais preparados para chegar ao time principal.
De Cotia para a Barra Funda, não teve problemas de adaptação — afinal, morava a menos de cinco minutos do centro de treinamentos do clube. Em um condomínio com vários prédios, precisava de alguns instantes de caminhada para chegar ao CT, mesmo que preferisse fazer o trajeto de carro, transporte mais tradicional para a megalópole que é São Paulo.
Logo que chegou para fazer o primeiro treino ao lado de grandes nomes do futebol, como Dani Alves e Miranda, ouviu um conselho de Crespo: "permaneça com a mesma alegria do período da base". A dica veio com um pedido do treinador para que o atleta fizesse jogadas de velocidade, sempre saindo dos lados do campo, onde está acostumado a atuar, para chegar à área adversária em condição de finalizar.
O seu primeiro jogo como titular do São Paulo foi um retrato do que o técnico pediu ao atleta. No gol marcado por Rigoni, recebeu lançamento de Miranda, invadiu a área e carimbou o poste esquerdo de Gabriel Arias. No rebote, o companheiro argentino mandou para o fundo da rede. Posteriormente, contou com passe preciso de Martín Benítez para passar por dois zagueiros e tocar na saída do goleiro.
O bom futebol, aliado ao respaldo da comissão técnica, deu confiança a Marquinhos. Em alta, cresceu no São Paulo e deixou de ser utilizado nas categorias de base. Ambientado, se firmou com facilidade no time principal, se tornando inclusive um dos principais ativos do clube.